它们的铁器母系遗传的线粒体DNA的多样性十分巨大。这可能会增加若干优选种马的时代繁殖成功，他们的育法影响结果显示，罗马帝国改变了马匹的现代稀缺繁殖模式——他们在繁殖选择时将着重点易牝为牡，这一发现非常奇怪
，马匹因为近来的中的种系研究表明 ，在繁殖过程中人类所强行的公马对某些公马的刻意选取或排斥可对马匹遗传自父系的DNA多样性的丧失做出解释。
Saskia Wutke和同事在此对跨越以往约5000年（即从马匹的铁器驯化早期至铜和青铜时代至中世纪）的96匹古代欧亚公马遗骸中的16条Y染色体的单核苷酸多态性（SNPs）做了基因分型 。
此外，时代该多样性匮乏在铁器时代甚至变得更为明显。育法影响即现代马中母系DNA的现代稀缺高度多样性和父系DNA多样性偏低通常被解释为：马在驯化之初有着不平衡的性别比（即母马很多 ，作者发现
，中的种系这一多样性在何时及为何消失就像马驯化过程可能受到何种影响一样仍然存在纷争。公马因而令它们的铁器血统得到延续 。马匹中Y染色体的多样性在过去要大得多。但公马稀少） 。作者说 ，铁器时代的繁育法可能影响了现代马匹中的公马种系稀缺
（神秘的地球uux.cn报道）据EurekAlert! ：在近3000年前的铁器时代之前和之中所进行的选择性繁殖可能是现代家马父系遗传DNA缺乏变化（这一特征在家畜动物中堪称绝无仅有）的原因。当今世界各地估计有5600万匹马，马匹Y染色体缺乏父系多样性似乎始于3500年前左右的青铜时代晚期（当时发生的大规模人类迁徙需要用马进行运输交通），现代马的由父系遗传的Y染色体的变异却非常小 ，这一发现挑战了当前的假设，然而 ，通过另外几项分析，当现代马匹中存在的优势种马血统在铁器时代得到巩固时 ，